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== 背景介绍 ==
甲基化是基因组 DNA 的一种主要的表观遗传修饰形式，与人类的癌症、衰老、老年痴呆等许多疾病密切相关，Illumina 甲基化芯片是有效的甲基化高通量筛选技术，可捕捉到单个碱基的甲基化变化。

该芯片不仅实现基因区域和 CpG 岛的全面覆盖，还包括 CpG 岛之外的甲基化位点，在人类干细胞中鉴定出了非 CpG 甲基化位点、miRNA 启动子区域以及肿瘤和正常组织中差异表达的甲基化位点等。

Illumina Human Methylation 450K BeadChip芯片可检测人全基因组近450,000个甲基化位点，具有单碱基的分辨率。全面覆盖了96%的CpG岛，并根据需求加入了CpG岛以外的CpG位点、人类干细胞非 CpG甲基化位点、正常组织与肿瘤（多种癌症）组织差异甲基化位点、编码区以外的CpG岛、miRNA 启动子区域和GWAS疾病相关区域的位点，同时覆盖了Human Methylation27 BeadChip的90%的位 点。

# A探针（非甲基化）的数目U
# B探针（甲基化）的数目M
# β值或者m值
# β值反映了能够和给定被甲基化的序列匹配的寡核苷酸的比率，序列中的甲基化率
# M值可以消除探针不同而造成的影响

<math>\beta=\frac{M}{M+U+100},M=\log\frac{\beta}{1-\beta}</math>

== 甲基化公开数据 ==
1. GEO：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

2. [https://www.cancer.gov/ccg/research/genome-sequencing/tcga TCGA]、[https://www.ebi.ac.uk/ EBI]等其它网站 

== 甲基化分析软件（R语言扩展包） ==

=== 预处理 ===

* [[生物信息学/HumMeth27QCReport|HumMeth27QCReport]]：用于'''HumanMethylation27k'''芯片的质控和标准化，后续分析与450k芯片相同。
* [https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/minfi.html minfi]：用于分析和可视化 Illumina Infinium 甲基化阵列的工具。

=== 数据补全 ===

* [https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/impute.html impute]：芯片数据缺失值填补

=== 甲基化位点注释 ===

* [https://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/IlluminaHumanMethylation450kmanifest.html IlluminaHumanMethylation450kmanifest]：450k注释包
* [https://bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19.html IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19]：450k注释包

=== 甲基化位点差异分析 ===

* [https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/wateRmelon.html wateRmelon]：15 种beta值和三个性能指标，以及由methylumi 和 minfi 包生成的对象的方法。

=== 综合流程 ===

* [[生物信息学/ChAMP|ChAMP]]：用于'''HumanMethylation27k，HumanMethylation450k，HumanMethylation850k'''芯片的'''idat'''格式的原始数据分析流程，综合了多个经典的甲基化分析R包。也可用于'''EPIC芯片'''的分析。

=== 甲基化驱动基因 ===
[[生物信息学/MethylMix|MethylMix]]：鉴定甲基化驱动的癌症基因（Identifying methylation driven cancer genes）

=== 甲基化免疫细胞浸润模式 ===
免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向组织，开始发挥它的作用，可以从组织中分离出的浸润免疫细胞。
肿瘤中免疫细胞的浸润与临床结果密切相关，肿瘤中浸润的免疫细胞最有可能作为药物靶标来提高患者的生存率。
{| class="wikitable"
|+
|'''简称'''
| '''全称'''
|'''中文'''
|-
|B
|B cells
|B细胞
|-
|NK
|NK Natural killer cells
|自然杀伤细胞
|-
|CD4T
|CD4+ T cells
|CD4+ T细胞
|-
|CD8T
|CD8+ T cells
|CD8+ T细胞
|-
|Mono
|Monocytes
|单核细胞
|-
|Gran
|Granulocytes
|粒细胞
|-
|'''Neutro'''
|'''Neutrophils'''
|'''中性粒细胞'''
|-
|'''Eosino'''
|'''Eosinophils'''
|'''嗜酸性粒细胞'''
|}
[https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/EpiDISH.html EpiDISH]：是一个 R 包，用于推断样本中存在的先验已知细胞亚型的比例，代表此类细胞类型的混合物，包括 8 种细胞亚型（B 细胞、CD4+ T 细胞、CD8+ T 细胞、NK 细胞、单核细胞、中性粒细胞、嗜酸性粒细胞和粒细胞。请注意，粒细胞由中性粒细胞和嗜酸性粒细胞组成）的一种参考。 该参考数据集基于 450k DNAm 阵列； 但是，它可以直接用于 450k 和 EPIC 阵列数据。

=== 甲基化富集分析 ===
[https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/methylGSA.html methylGSA]：methylGSA 的主要功能是 methylglm 和 methylRRA。 甲基 GSA 实施逻辑回归调整探针数量作为协变量。 methylRRA 通过 Robust Rank Aggregation 调整每个基因的多个 p 值。

== 甲基化在线分析工具 ==

=== 注释工具 ===
wANNOVAR：https://wannovar.wglab.org/
{| class="wikitable"
|+wANNOVAR格式示例如下：
!Chr
!Start
!End
!Ref
!Alt
|-
|chr1
|25257191
|25258236
|0
|0
|-
|chr1
|2397201
|2397977
|0
|0
|-
|chr6
|31938372
|31939112
|0
|0
|}
{| class="wikitable"
|+wANNOVAR输出格式示例
!Chr
!Start
!End
!Ref
!Alt
!Func
!Gene
|-
|chr1
|25257191
|25258236
|0
|0
|intronic
|RUNX3
|-
|chr1
|2397201
|2397977
|0
|0
|ncRNA_intronic
|CD81-AS1
|-
|chr6
|31938372
|31939112
|0
|0
|exonic
|DXO
|}

=== 包含甲基化分析的综合在线工具 ===

* OncoDB：https://oncodb.org/index.html
* SMART（TCGA甲基化分析工具）：http://www.bioinfo-zs.com/smartapp/
* DiseaseMeth version 3.0（甲基化与GEO疾病、TCGA数据）：http://diseasemeth.edbc.org/
* MethHC（TCGA甲基化）：https://awi.cuhk.edu.cn/~MethHC/methhc_2020/php/index.php
* MEXPRESS（TCGA甲基化可视化）：https://mexpress.be/
*

[[Category:生物信息学]]